Более полувека прошло с момента заражения Земли радиоактивным минералом тибериумом, большая часть планеты непригодна для жизни, поэтому за малое количество незараженных зон идет ожесточенная борьба. Для защиты благоустроенных регионов с чистой экологией была создана организация GDI (Глобальная Защитная Инициатива). Именно ее войска, целью которых является очищение планеты и возвращение мира, вам и предстоит возглавить.